灰指甲與香港腳皆是由真菌/細菌/黴菌(Fungus / bacteria / mold)造成，常見醫師經由香港腳來治療，之後感染到指（趾）甲，其中香港腳、灰指甲的致病原以黴菌中的皮癬菌為大宗。年紀大的族群、糖尿病、末稍循環差的人、口服免疫抑制劑治療的人、手腳多汗的人、好穿包頭太緊不合腳鞋子從事活動者、家裡有人罹患香港腳感染者，因為長期不當保持使指甲受傷的機會增加，讓黴菌有機會侵入，所以灰指甲發生在腳趾甲是手指甲的4倍。

細菌都是有生命的單細胞，當指甲細菌感染的數目過大時，細菌開始靠油份和濕度來繁殖，細菌的副產品（生產下一代和排泄）就是指甲上出現綠色物體，這也是為什麼指甲的細菌感染都是在甲面表面且多半綠色的。

一般而言黴菌感染指甲變色易碎裂，指甲的色澤該是透明、帶點粉紅色，但罹患灰指甲者，因為指甲遭到黴菌感染，因此色澤易變得偏黃、灰、咖啡、甚至是綠色，且看起來是濁濁的，還容易碎裂、掉屑，甲板變厚，嚴重者指甲還會變形、粗糙或與甲床分離。

依臨床經驗來看，導致灰指甲的致病菌，約有八成是皮癬菌，少部分是遭念珠菌、霉菌等菌種感染所致，而皮癬菌也是導致俗稱香港腳的足癬的致病菌，因此，許多患者是先罹患香港腳，接著皮黴菌再感染至腳趾甲，形成灰指甲元兇足癬皮癬菌。健康的指甲在遇皮癬菌等黴菌，多是「無機可趁」的，不過如果指甲遭遇撞擊、有外傷，或是碎裂，此時黴菌即可能「趁虛而入」，而導致灰指甲。

崁甲好發於趾甲的內側緣或外側緣崁入甲溝，因而誘發肉芽組織，部分的患者的指甲會向內生長捲曲成Ω形造成甲床或甲溝發炎，亦可能為遺傳、指甲生長板、甲床結構異常、不合腳的鞋子或灰趾甲所引發，可以修剪一個弧度讓指甲比較不會被壓迫到，若已經坎進甲溝很深應建議顧客讓醫生確診，再由醫師分層問題甲三段中的一、二級（一級手足保養，二級非手術性治療，三級手術性治療）於受過訓練專業美甲師改善修剪。少部分的人是反覆性的創傷造成趾甲與指甲生長板斷裂，新甲片將斷裂的趾甲片向後向上推移，造成甲溝炎（凍甲/嵌甲）。（黃維超醫師，2017）